Aplikace mKasa umožňuje vyskladňovat zásoby do minusu. Tato funkce se přebírá z nastavení v programu POHODA v agendě Sklady/Sklady, kde je volba Povolit stav zásob do minusu. U zásob, jejichž sklad nebude mít povoleno vyskladňování do minusu, nebude možné zásobu do minusu v aplikaci mKasa vyskladnit. Aby bylo možné zásobu vyskladnit do minusu i v aplikaci mKasa, je nutné nejprve povolit tento stav v programu POHODA. Na
kartě Sklady je možné sledovat, které sklady jsou nastaveny pro vyskladňování do minusu.